El Callao fue fundada por los colonizadores españoles en 1537, sólo dos años después de Lima (1535). Pronto se convirtió en el principal puerto para el comercio español en el Pacífico. El origen de su nombre es desconocido, tanto la India (especialmente Yunga, o la costa peruana) y fuentes españolas se acreditan, pero lo cierto es que se le conocía por ese nombre desde 1550.
A la altura del Virreinato, prácticamente todos los bienes producidos en el Perú, Bolivia y Argentina se llevaron a través de los Andes a lomo de mula hasta el Callao, para ser enviado a Panamá, llevado por tierra, y luego transportados a España, vía Cuba.El 20 de agosto de 1836, durante la Confederación Perú-Boliviana, el presidente Andrés de Santa Cruz dispuso la creación de la Provincia Litoral del Callao (Provincia Litoral del Callao del), que tiene autonomía política en sus asuntos internos. Durante el gobierno del presidente Ramón Castilla, Callao se le dio el nombre de Provincia Constitucional (Provincia Constitucional), el 22 de abril 1857, antes de eso, Callao tenía el nombre de la provincia del Litoral. Todas las otras provincias peruanas habían dado sus nombres por la ley, mientras que el Callao fue dado por mandato constitucional.
En 1746, un tsunami causado por un terremoto destruyó la totalidad del puerto del Callao.
El 2 de mayo de 1866, durante la batalla del Callao, la flota española intentó reconquistar Perú independiente.
El 19 de junio de 1986, cientos de prisioneros fueron masacrados en El Frontón.
